Meta-analysis of genome-wide association studies discovers multiple loci for chronic lymphocytic leukemia
Sonja I. Berndt
(1)
,
Nicola J. Camp
,
Christine F. Skibola
,
Joseph Vijai
,
Zhaoming Wang
,
Jian Gu
,
Alexandra Nieters
,
Rachel S. Kelly
,
Karin E. Smedby
,
Alain Monnereau
,
Wendy Cozen
,
Angela Cox
,
Sophia S. Wang
,
Qing Lan
,
Lauren R. Teras
,
Moara Ma
,
Meredith Ye
,
Angela R. Brooks-Wilson
,
Patricia Hartge
,
Mark Ma
,
Brenda M. Birmann
,
Claire M. Vajdic
,
Pierluigi Cocco
,
Yawei Zhang
,
Graham G. Giles
,
Anne Zeleniuch-Jacquotte
,
Charles Lawrence
,
Rebecca Montalvan
,
Laurie Burdett
,
Amy Hutchinson
,
Yuanqing Ye
,
Timothy G. Call
,
Tait D. Shanafelt
,
Anne Novak
,
Neil E. Kay
,
Julie M. Cunningham
,
Cristine Allmer
,
Henrik Hjalgrim
,
Hans-Olov Adami
,
Mads Ma
,
Bengt Glimelius
,
Ellen T. Chang
,
Martha Ma
,
Karen Curtin
,
Lisa A. Cannon-Albright
,
W Ryan Diver
,
Brian K. Link
,
George J. Weiner
,
Lucia Conde
,
Paige M. Bracci
,
Jacques Riby
,
Donna K. Arnett
,
Degui Zhi
,
Justin M. Leach
,
Elizabeth A. Holly
,
Rebecca D. Jackson
,
Lesley F. Tinker
,
Yolanda Benavente
,
Núria Sala
,
Delphine Casabonne
,
Nikolaus Becker
,
Paolo Boffetta
,
Paul Brennan
,
Lenka Foretova
,
Marc Maynadié
(2, 3)
,
James Mckay
,
Anthony Staines
,
Kari G. Chaffee
,
Sara J. Achenbach
,
Celine M. Vachon
,
Lynn R. Goldin
,
Sara S. Strom
,
Jose F. Leis
,
J. Brice Weinberg
,
Neil E. Caporaso
,
Aaron D. Norman
,
Anne de Roos
,
Lindsay M. Morton
,
Richard K. Severson
,
Elio Riboli
,
Paolo Vineis
,
Rudolph Kaaks
,
Giovanna Ma
,
Elisabete Weiderpass
,
María- Dolores Ma
,
Roel C. H. Vermeulen
,
Ruth C. Travis
,
Melissa C. Southey
,
Roger L. Milne
,
Demetrius Albanes
,
Jarmo Virtamo
,
Stephanie Weinstein
,
Jacqueline Clavel
,
Tongzhang Zheng
,
Theodore R. Holford
,
Danylo J. Villano
,
Ann Ma
,
John J. Spinelli
,
Randy D. Gascoyne
,
Joseph M. Connors
,
Kimberly A. Bertrand
,
Edward Giovannucci
,
Peter Kraft
,
Anne Kricker
,
Jenny Turner
,
Maria Grazia Ma
,
Giovanni M. Ferri
,
Lucia Miligi
,
Liming Liang
,
Baoshan Ma
,
Jinyan Huang
,
Simon Crouch
,
Ju-Hyun Park
,
Nilanjan Chatterjee
,
Kari E. North
,
John A. Snowden
,
Josh Wright
,
Joseph F. Fraumeni
,
Kenneth Offit
,
Xifeng Wu
,
Silvia de Sanjose
,
James R. Cerhan
,
Stephen J. Chanock
,
Nathaniel Rothman
,
Susan L. Slager
(4)
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Nikolaus Becker
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Anne Kricker
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Résumé
Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is a common lymphoid malignancy with strong heritability. To further understand the genetic susceptibility for CLL and identify common loci associated with risk, we conducted a meta-analysis of four genome-wide association studies (GWAS) composed of 3,100 cases and 7,667 controls with follow-up replication in 1,958 cases and 5,530 controls. Here we report three new loci at 3p24.1 (rs9880772, EOMES, P = 2.55 x 10(-11)), 6p25.2 (rs73718779, SERPINB6, P = 1.97 x 10(-8)) and 3q28 (rs9815073, LPP, P = 3.62 x 10(-8)), as well as a new independent SNP at the known 2q13 locus (rs9308731, BCL2L11, P = 1.00 x 10(-11)) in the combined analysis. We find suggestive evidence (P<5 x 10(-7)) for two additional new loci at 4q24 (rs10028805, BANK1, P = 7.19 x 10(-8)) and 3p22.2 (rs1274963, CSRNP1, P = 2.12 x 10(-7)). Pathway analyses of new and known CLL loci consistently show a strong role for apoptosis, providing further evidence for the importance of this biological pathway in CLL susceptibility.