Genome-wide association analysis implicates dysregulation of immunity genes in chronic lymphocytic leukaemia.
Philip J Law
,
Sonja I Berndt
(1)
,
Helen Speedy
,
Nicola J Camp
,
Georgina P Sava
,
Chris Skibola
,
Amy Holroyd
(2)
,
Vijai Joseph
(3)
,
Nicola J. Sunter
,
Alexandra Nieters
,
Silvia Bea
,
Alain Monnereau
,
David Martin-Garcia
,
Lynn R Goldin
,
Guillem Clot
(4)
,
Lauren R Teras
,
Inés Quintela
,
Brenda M Birmann
,
Sandrine Jayne
,
Wendy Cozen
,
Aneela Majid
(5)
,
Karin E Smedby
,
Qing Lan
,
Claire Dearden
,
Angel Brooks-Wilson
,
Andrew G. Hall
(6)
,
Mark Purdue
,
Tryfonia Mainou-Fowler
,
Claire M Vajdic
,
Graham H Jackson
(7)
,
Pierluigi Cocco
,
Helen Marr
,
Yawei Zhang
(8)
,
Tongzhang Zheng
,
Graham G Giles
(9)
,
Charles Lawrence
(10)
,
Timothy G Call
,
Mark Liebow
,
Mads Melbye
,
Bengt Glimelius
,
Larry Mansouri
(11)
,
Martha Glenn
(12)
,
Karen Curtin
,
W Ryan Diver
,
Brian K Link
(13)
,
Lucia Conde
,
Paige M Bracci
,
Elizabeth A Holly
,
Rebecca D Jackson
,
Lesley F Tinker
,
Yolanda Benavente
,
Paolo Boffetta
,
Paul Brennan
,
Marc Maynadié
(14)
,
James Mckay
,
Demetrius Albanes
,
Stephanie Weinstein
,
Zhaoming Wang
,
Neil E Caporaso
,
Lindsay M Morton
,
Richard Severson
,
Elio Riboli
,
Paolo Vineis
,
Roel C H Vermeulen
,
Melissa C Southey
,
Roger L Milne
,
Jacqueline Clavel
(15)
,
Sabine Topka
,
John J Spinelli
,
Peter Kraft
,
Maria Grazia Ennas
(16)
,
Geoffrey Summerfield
,
Giovanni M Ferri
,
Robert J Harris
(17)
,
Lucia Miligi
,
Andrew R Pettitt
,
Kari E North
,
David J Allsup
,
Joseph F Fraumeni
,
James R Bailey
(18)
,
Kenneth Offit
,
Guy Pratt
(19)
,
Henrik Hjalgrim
,
Chris Pepper
(20)
,
Stephen J Chanock
,
Chris Fegan
,
Richard Rosenquist
(11)
,
Silvia de Sanjose
,
Ángel Carracedo
(21)
,
Martin J S Dyer
(22)
,
Daniel Catovsky
(23)
,
Elias Campo
,
James R Cerhan
(24)
,
James M Allan
(25)
,
Nathanial Rothman
,
Richard Houlston
(26)
,
Susan Slager
(24)
1
NCI-NIH -
National Cancer Institute [Bethesda]
2 Microsoft Research [Redmond]
3 Department of Physics, Loyola College, Nungambakkam, Chennai – 600 034
4 IDIBAPS - Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer
5 University of Aleppo = Université d'Alep
6 SMRU - Sea Mammal Research Unit [University of St Andrews]
7 Department of Chemical Engineering
8 MONARIS - De la Molécule aux Nanos-objets : Réactivité, Interactions et Spectroscopies
9 Cancer Council Victoria
10 University of Oulu
11 Uppsala Universitet [Uppsala]
12 UPN - Université Paris Nanterre
13 University of Iowa [Iowa City]
14 Registre des hémopathies malignes de Côte d'Or
15 IRSN - Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire
16 B.B. Brodie Department of Neuroscience
17 Penn State - Pennsylvania State University
18 UoN - University of Newcastle [Callaghan, Australia]
19 AIM (UMR7158 / UMR_E_9005 / UM_112) - Astrophysique Interprétation Modélisation
20 Department of Haematology, School of Medicine
21 CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER)
22 University of Leeds
23 Haemato-oncology
24 Mayo Clinic [Rochester]
25 NICR - Northern Institute for Cancer Research [Newcastle]
26 Institute of Cancer Research, Belmont, Sutton
2 Microsoft Research [Redmond]
3 Department of Physics, Loyola College, Nungambakkam, Chennai – 600 034
4 IDIBAPS - Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer
5 University of Aleppo = Université d'Alep
6 SMRU - Sea Mammal Research Unit [University of St Andrews]
7 Department of Chemical Engineering
8 MONARIS - De la Molécule aux Nanos-objets : Réactivité, Interactions et Spectroscopies
9 Cancer Council Victoria
10 University of Oulu
11 Uppsala Universitet [Uppsala]
12 UPN - Université Paris Nanterre
13 University of Iowa [Iowa City]
14 Registre des hémopathies malignes de Côte d'Or
15 IRSN - Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire
16 B.B. Brodie Department of Neuroscience
17 Penn State - Pennsylvania State University
18 UoN - University of Newcastle [Callaghan, Australia]
19 AIM (UMR7158 / UMR_E_9005 / UM_112) - Astrophysique Interprétation Modélisation
20 Department of Haematology, School of Medicine
21 CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER)
22 University of Leeds
23 Haemato-oncology
24 Mayo Clinic [Rochester]
25 NICR - Northern Institute for Cancer Research [Newcastle]
26 Institute of Cancer Research, Belmont, Sutton
Philip J Law
- Fonction : Auteur
Helen Speedy
- Fonction : Auteur
Nicola J Camp
- Fonction : Auteur
Georgina P Sava
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Chris Skibola
- Fonction : Auteur
Nicola J. Sunter
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Silvia Bea
- Fonction : Auteur
Alain Monnereau
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David Martin-Garcia
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Lauren R Teras
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Inés Quintela
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Brenda M Birmann
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Sandrine Jayne
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Wendy Cozen
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Karin E Smedby
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Qing Lan
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Claire Dearden
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Angel Brooks-Wilson
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Mark Purdue
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Tryfonia Mainou-Fowler
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Claire M Vajdic
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Pierluigi Cocco
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Helen Marr
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Tongzhang Zheng
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Timothy G Call
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Mark Liebow
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Mads Melbye
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Bengt Glimelius
- Fonction : Auteur
Karen Curtin
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W Ryan Diver
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Lucia Conde
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Paige M Bracci
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Elizabeth A Holly
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Rebecca D Jackson
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Lesley F Tinker
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Yolanda Benavente
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Paolo Boffetta
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Paul Brennan
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James Mckay
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Demetrius Albanes
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Stephanie Weinstein
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Zhaoming Wang
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Neil E Caporaso
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Lindsay M Morton
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Richard Severson
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Elio Riboli
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- ORCID : 0000-0001-6795-6080
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Paolo Vineis
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Roel C H Vermeulen
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Melissa C Southey
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Roger L Milne
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Sabine Topka
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John J Spinelli
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Peter Kraft
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- ORCID : 0000-0002-4472-8103
Geoffrey Summerfield
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Giovanni M Ferri
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Lucia Miligi
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Andrew R Pettitt
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Kari E North
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David J Allsup
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Joseph F Fraumeni
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Kenneth Offit
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Henrik Hjalgrim
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Stephen J Chanock
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Chris Fegan
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Silvia de Sanjose
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Elias Campo
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Nathanial Rothman
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Susan Slager
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Résumé
Several chronic lymphocytic leukaemia (CLL) susceptibility loci have been reported; however, much of the heritable risk remains unidentified. Here we perform a meta-analysis of six genome-wide association studies, imputed using a merged reference panel of 1,000 Genomes and UK10K data, totalling 6,200 cases and 17,598 controls after replication. We identify nine risk loci at 1p36.11 (rs34676223, P=5.04 × 10(-13)), 1q42.13 (rs41271473, P=1.06 × 10(-10)), 4q24 (rs71597109, P=1.37 × 10(-10)), 4q35.1 (rs57214277, P=3.69 × 10(-8)), 6p21.31 (rs3800461, P=1.97 × 10(-8)), 11q23.2 (rs61904987, P=2.64 × 10(-11)), 18q21.1 (rs1036935, P=3.27 × 10(-8)), 19p13.3 (rs7254272, P=4.67 × 10(-8)) and 22q13.33 (rs140522, P=2.70 × 10(-9)). These new and established risk loci map to areas of active chromatin and show an over-representation of transcription factor binding for the key determinants of B-cell development and immune response.
Domaines
Autre [q-bio.OT]
Origine : Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte