Si une réflexion autour de la réforme de l'hôpital était jugée indispensable, elle a suscité de nombreuses polémiques. Bon nombre de praticiens hospitaliers craignaient en effet de voir l'hôpital soumis aux rouages de l'entreprise ordinaire. La loi " HPST " opère un nouveau partage des compétences décisionnaires en faisant du directeur d'établissement un interlocuteur privilégié dans la mise en œuvre de la politique de santé. Cependant, il n'est qu'un " maillon de la chaîne " : sa nomination comme ses décisions sont soumises au directeur de l'agence régionale de santé (ARS), lequel joue un rôle actif dans la gestion de l'établissement. La commission médicale d'établissement (CME) assure la représentation de la communauté médicale. On parle d'alliance médico-administrative, les professionnels de santé étant également représentés au sein des organes de direction. Néanmoins, la communauté médicale reste septique quant à son influence réelle, en ce sens que la loi entérine sa soumission au directeur d'hôpital. Ce dernier exerce un important contrôle à travers l'organisation des pôles d'activité et dispose d'un pouvoir de nomination sur les praticiens en raison de leur lien de subordination à l'administration hospitalière. l